La Sociedad fue establecida mediante Resolución Suprema el 5 de noviembre de 1847, durante el gobierno del Gran Mariscal Ramón Castilla. 

Primer Directorio:

• Juan Pío Burga (Vicario de la provincia)
• Coronel José Gálvez Paz
• José Rosas Barrantes
• Dr. Juan Alzamora
• Vicente Souza

En sus inicios, la Beneficencia asumió la administración de hospitales y propiedades, incluyendo las haciendas de Porcón y Chamis, así como el fundo de Tartar en Baños del Inca

En 1876, las Hermanas de la Caridad de San Vicente de Paúl asumieron la gestión de los hospitales de Belén y otros establecimientos, mejorando significativamente la atención médica y social.

Inicialmente dependía del Ministerio de Salud; posteriormente, pasó al Instituto Nacional de Bienestar Familiar (INABIF) y, finalmente, a la Municipalidad Provincial de Cajamarca.

Actualmente, la Sociedad es una entidad pública descentralizada, bajo la supervisión de la Municipalidad Provincial de Cajamarca.